A lakosság vallási megoszlása római katolikus és református. A felekezetek híveinek száma közel azonos.
Ősi egyházas hely. Neve szerepel egy 1233. évi oklevélben, szent Ferenc temploma pedig 1340-ben. 1421-ben István a plébánosa. 1550-ben még van itt plébános, de 1554-ben a plébános nincs már betöltve. Később a helység protestáns lett. 1629-ből ismerjük a református lelkésznek a nevét is. 1715-ben curiális helység, nemesi igazgatás alatt. Ebbeli kiváltságait 1848-ban szüntették meg. 1710-ben visszaállítják a plébániát, 1718-ban eltávoltítják a református lelkészt és iskolamestert, 1719-ben az iskola is katolikus kézre került. 1778-ban még állt a Szent Ferenc tiszteletére emelt és zsindellyel fedett régi templom, de már romos falakkal, düledező fatoronnyal. Milejnek ekkor 10 filiás községe volta 29 településből, az un. szegekből. A plébánia területén 2558 katolikus és 1723 református lakos élt. Szily püspök saját költéségén emeltetett új templomot a régi titulussal. Ezt a templomot 1903-ban renoválták, majd 1960 óta többször végeztek rajta részleges felújításokat. 1968-ban készült az új plébániaház.
A temploban lévő freskókat egyesek Dorffmaisternek, mások Cymbalnak tulajdonítják. Az oltárképet Lérnánt készítette 1903-ban.
A plébánia területén volt Szentiván, jeles egyházas hely, amelynek ismert plébánosai 1334-ből Péter, 1418-ból Gergely, 1421-ből Miklós, 1550-ből György és 1554-ből Bálint. 1657-ben református lelkészről tudunk.
A településen egy 1792-ben, Szily János szombathelyi püspök által építtetett római katolikus műemlék templom található. Az Assisi Szent Ferencnek szentelt templom freskóit egyesek Dorffmaister, mások Cymbal alkotásának tudják. A templom falán a világháborús áldozatok neve látható. A település másik nevezetessége a református imaház. Megtekintésre érdemesek a településen megtalálható régi pitvaros göcseji házak is.
A reformáció tanításai a XVI. század végéig eljutottak Milejbe is. Becsvölgyére, illetve Kustánszegre jártak az itt élő reformátusok Istentiszteletre.
II. József Türelmi Rendelete után a reformátusság szeretett volna templomot építeni, de tervük nem valósulhatott meg. 1805-ben a lélekszámuk elérte a 300 főt. Telket azonban nem kaptak egy felépítendő templom számára. Az álom majdnem 200 év múlva, 1985-ben valósulhatott meg.
Az építés előzményeiről is szólni kell. A haranglábnál álló, 1932-ben épült tűzoltószertár már használaton kívül volt. A községi kezelésben lévő épületet megkapta a Milejszegi református gyülekezet. A szertárat elhasználódott állapota miatt, hasonlóképpen a 6 m magas toronnyal együtt el kellett bontani. Az építkezés 1985 tavaszán Nagy Kolozsvári István lelkipásztorsága és Salamon Ferenc /Bali/ gondnoksága idején kezdődött el, és közel 200 nap alatt társadalmi munkában, óriási együttes összefogással készült el a 9 m hosszú imaház a hozzá illeszkedő toronnyal együtt. Téglát, cementet, meszet, cserepet a gyülekezet tagjai adták össze. Az akkori Termelőszövetkezet erdejéből tetőfát, léc és deszkaanyagot kapott a gyülekezet. Az építkezést a gyülekezet anyagi áldozatvállalásán túlmenően, az Egyházmegye is építési segély összeggel támogatta.
Az elkészült Milejszegi református imaház és torony felszentelésére 1985.június 2-án Kovács Attila a Dunántúli Református Egyházkerület püspöke, és Fekete Sándor a Vas-Zalai Református Egyházmegye esperese által került sor.
A balázsfai hegyen körülbelül 80 évvel ezelőtt egy helyi szőlős gazda építetett egy kápolnát, amely idővel életveszélyessé vált.
2008-ban teljesen felújították a kápolnát. A milejszegi plébánia az Egyházmegyétől kapott támogatása, az önkormányzat pályázat révén járult hozzá a felújítás költségéhez, a fennmaradó részt a hegyi gazdák adományából fedezték.
2009. június 7.-én áldotta meg a felújított kápolnát Kálinger Roland (Rozsé Atya) az akkor plébános.
A milejszegi egyházközséghez tartozó Balázsfai-hegyen minden évben, májusban, Szentháromság vasárnapján tartják a kápolna búcsúját a hegyi gazdák. Elsősorban Babosdöbrétéről, Milejszegről és Dobronhegyről járnak ide a gazdák, mivel a kápolna e három község határában található.